マイナ保険証の薬局の高額療養費は別計算？窓口の使い方と申請の流れ

マイナ保険証を使うと、高額療養費の上限は病院と薬局の窓口でそれぞれ別にかかり、合わせて上限を超えた分は後から申請して戻してもらいます。

病院では上限までの支払いで済んだのに、院外の薬局では薬代をそのまま払い、驚いた人もいるのではないでしょうか。

この記事では、病院と薬局の分を合わせる決まり、申請の案内が届く時期、窓口でカードリーダーを手早く使うコツ、資格確認書との違いをまとめました。

※2026年11月1日時点の情報です。

最新の情報は公式サイトでご確認ください。

マイナ保険証でも薬局の高額療養費は窓口で別計算になる

病院と院外の薬局の支払いは、窓口の時点ではつながっておらず、合わせて上限を超えた分は加入先への申請で戻る流れです。

協会けんぽのFAQでも、窓口の上限は保険医療機関・保険薬局ごと、入院・外来別に当てはめると案内されています。

自分の状況に近い行を見てください。

自分の状況	窓口ではどうなるか・この先	取る行動
マイナ保険証で受診し、病院だけで上限に届いた	病院の窓口で上限までの支払いになる	追加の手続きは原則なし
病院は上限まで払い、院外の薬局でも薬代を払った	薬局は薬局の分だけで判定される。病院の分と合わせて上限を超えていれば、超えた分は後から戻る	案内が届いたら申請する。領収書を取っておく
同じ月に別の病院にもかかり、それぞれ21,000円以上払った（70歳未満）	窓口ではそれぞれの上限まで払う。合わせて上限を超えた分は申請で戻る	加入先に申請する
資格確認書で受診している	同意すれば限度額の区分を窓口で参照できる自治体がある。保険者によっては限度額適用認定証が要る	加入先の案内を確かめ、必要なら認定証を申請する
70歳以上で低所得の区分	マイナ保険証を使っても減額認定証の手続きが要る	加入先で減額認定証を申請する

表のとおり、マイナ保険証で手続きがいらなくなるのは、1つの窓口の支払いを上限までに抑える部分です。

複数の窓口の分を合わせた調整は、どの保険でも後からの申請や振り込みになります。

病院と薬局の窓口の支払いをその場でまとめて精算する仕組みは、厚生労働省や協会けんぽの案内には見当たりませんでした。

病院と薬局で別々に上限がかかるのはなぜ？

高額療養費を計算するときは、院外の薬局で払った薬代を、処方せんを出した医療機関の負担に足して数えます。

協会けんぽ、相模原市、静岡市の案内は、どれもこの数え方です。

一方で、窓口で上限を当てはめる仕組みは施設ごとに動きます。

病院の窓口は病院の分だけ、薬局の窓口は薬局の分だけを見て、上限まで抑えるためです。

協会けんぽのFAQでは、薬局の上限は、同じ月に同じ医療機関が出した処方せんの調剤費だけを、1つの薬局の中で合わせて当てはめるとされています。

そのため、病院の窓口で上限まで払った月に薬局でも支払いがあると、合計が上限を超えることがあります。

SNSでも、マイナ保険証なら何もしなくてよいと思っていたという声が見られます。

「手続きなしで免除」はどこまでの話？

厚生労働省のリーフレットは、マイナ保険証の利点として、手続きなしで限度額を超える支払いが免除される点を挙げています。

この意味は、限度額適用認定証を前もって申請しなくても、窓口ごとの支払いが上限までになることです。

協会けんぽのFAQでは、同じ月に複数の医療機関でそれぞれ21,000円以上払い、合わせて上限を超えるときは、高額療養費支給申請書の提出が必要とされています。

2つの病院でそれぞれ上限まで払った場合も、申請すれば支給されます。

「認定証の申請がいらない」ことと「払い戻しの申請がいらない」ことは別だと覚えておくと、案内が届いたときに迷いません。

院外処方の薬代と病院の分を合算する条件

院外処方の薬代は、処方せんを出した医療機関の分に足して数え、70歳未満はその合計が21,000円以上なら合算の対象になります。

70歳以上は金額に関係なくすべて合算できます。

上限の額そのものも2026年8月に変わったので、先に協会けんぽの表で確かめておきましょう。

70歳未満の区分（標準報酬月額）	2026年7月診療分まで	2026年8月診療分から	年間上限額
ア（83万円以上）	252,600円＋(総医療費－842,000円)×1%	270,300円＋(総医療費－901,000円)×1%	168万円
イ（53万〜79万円）	167,400円＋(総医療費－558,000円)×1%	179,100円＋(総医療費－597,000円)×1%	111万円
ウ（28万〜50万円）	80,100円＋(総医療費－267,000円)×1%	85,800円＋(総医療費－286,000円)×1%	53万円
エ（26万円以下）	57,600円	61,500円	53万円
オ（低所得者）	35,400円	36,900円	29万円

多数回該当の額は、ア140,100円、イ93,000円、ウとエ44,400円、オ24,600円のまま据え置かれています。

直近12か月に3か月以上支給を受けた場合、4か月目からの上限がこの額です。

年間上限額の申請は2027年8月から受け付ける予定で、申請書は準備中とされています。

2027年8月には、所得区分をさらに細かく分ける見直しも控えています。

そのため、協会けんぽが2026年8月以降に出す限度額適用認定証は、有効期限が長くても2027年7月31日までです。

70歳未満は1つの医療機関で21,000円以上が条件

70歳未満の人は、1つの医療機関の負担が21,000円以上の月だけ、ほかの受診や家族の分と合わせられます。

院外の薬局の薬代は、処方せんを出した医療機関の分に足して21,000円以上かどうかを判定します。

病院の外来の支払いが21,000円に届かなくても、薬代を足して届けば合算の対象です。

同じ世帯で同じ健康保険に入っている家族の分も、21,000円以上なら合わせられます。

差額ベッド代や入院中の食事代など、保険の対象外の負担は計算に入りません。

静岡市の案内では、70歳未満は窓口では原則として過去12か月の3回目までの額で請求され、医療機関が多数回該当と判断した場合だけ多数回の額になります。

窓口で多数回の額にならなかった分も、後からの申請で調整されます。

70歳以上・75歳以上は外来の個人ごとの上限がある

70歳以上は、外来の個人ごとの上限と、入院を含む世帯ごとの上限の2段階です。

協会けんぽの案内では、一般の区分の外来の上限は、2026年8月から22,000円に、世帯ごとの上限は61,500円になりました。

21,000円の条件はないので、少額の支払いもすべて合わせて数えます。

千葉市の案内では、70歳以上で2割負担の人には、外来の負担が1年で14.4万円を超えた分を戻す外来年間合算もあり、年に1回郵便で知らせが届きます。

70歳以上でマイナ保険証を使えない人が窓口で出すものは、区分で変わります。

協会けんぽのFAQでは、現役並みⅠ・Ⅱの人は資格確認書、高齢受給者証、限度額適用認定証の3点が必要で、一般と現役並みⅢの人は資格確認書と高齢受給者証の2点で足ります。

75歳以上の後期高齢者医療も同じ時期に変わりました。

新宿区の案内では、2割負担の人の外来の上限は18,000円から22,000円になり、年間の上限は216,000円です。

1割負担の区分2の人は8,000円から11,000円になり、年間の上限は96,000円です。

2割負担の人に向けた月3,000円までの配慮措置は、2025年9月30日までの診療で終わっています。

2つの科・入院と外来・月の途中の受診はどう数える？

内科と整形外科のように、同じ医療機関の医科で2つの科にかかったときは、医科の外来としてまとめて数えます。

医科と歯科は同じ病院の中でも別々です。

2つの科から処方せんが出ても、同じ医療機関が出したものなら、1つの薬局の中で合わせて上限を当てはめます。

同じ月に同じ医療機関で外来と入院の両方を受けた場合は、外来分と入院分に別々に上限がかかり、窓口では合算されません。

高額療養費は月の初めから終わりまでの1か月ごとなので、月をまたぐ通院は月ごとに分けて数えます。

協会けんぽのFAQでは、月の途中で限度額適用認定証を受け取り、翌月に初めて出した場合は前の月にさかのぼらないため、後日申請するとしています。

高額療養費の申請の流れと案内が届く時期

国民健康保険では、診療月の約2〜3か月後に申請書や案内のハガキが届く自治体が多く、届いた書類で申請します。

協会けんぽや健康保険組合は、加入先の様式で手続きをします。

2回目からは自動で振り込まれる地域もあるので、加入先ごとの流れを確かめておきましょう。

国民健康保険は申請書が届いてから手続きする

相模原市は診療月のおおむね3か月後の上旬、千葉市は約3か月後、静岡市は約2か月後に案内を送るとしています。

相模原市の場合、持ち物は申請書、振込先が分かるもの、本人確認書類の3つです。

静岡市は、領収書が必要になる場合があるので保管するよう呼びかけています。

病院や薬局への支払いが済んでいない月は、申請できません。

相模原市では、申請の時効は申請書が届いてから2年です。

薬局の領収書は病院の領収書と同じ封筒に月ごとにまとめておくと、案内が届いたときにすぐ出せます。

2回目から自動振込になる自治体・後期高齢者医療

国民健康保険には、初回の申請で申し出ておくと、2回目以降は申請書なしで振り込まれる自治体があります。

さいたま市では、2022年10月以降に該当した分から、初回に申出書兼同意書を出した世帯が対象です。

口座は1世帯につき1つまでで、保険税の滞納がないことなどが条件になります。

世帯主が変わったときや振り込みができなかったときは解除され、もう一度申し出が必要です。

後期高齢者医療でも、初回だけ申請すれば2回目以降は自動で振り込まれる地域があります。

新宿区によると、東京都の広域連合が申請書を送るのは初回に当たった月の分だけで、早くても診療月の4か月後です。

一度手続きを済ませれば、次からは届け出た口座に入り、口座を変えたいときだけ区に連絡します。

院外の薬局の分で上限を超える月が続きそうな人は、初回の申請のときに自動振込があるか確かめておくと、次からの手間が減ります。

協会けんぽ・健康保険組合と貸付制度

協会けんぽは、健康保険高額療養費支給申請書を、加入している都道府県支部に郵送か電子申請で出します。

紙で出すときの宛先の支部は、資格情報のお知らせか、マイナポータルの資格情報の画面で分かります。

健康保険組合は、組合ごとに手続きや自動の払い戻しの有無が違うので、組合の案内を見てください。

支払いが重いときは、協会けんぽの高額医療費貸付制度で、支給見込額の8割を無利子で借りられます。

人工透析などの長期高額疾病は、特定疾病療養受療証を受け取ると上限が月10,000円になり（70歳未満で標準報酬月額53万円以上は月20,000円）、マイナ保険証で受診するときも受療証を窓口に出します。

マイナ保険証の窓口での使い方｜カードリーダーの4段階

病院でも薬局でも、受付は顔認証付きカードリーダーで、置く・本人確認・同意・完了の4段階で進みます。

薬局では、同意の後に処方箋の出し方を選ぶ画面が加わります。

厚生労働省のリーフレットの流れは次のとおりです。

1. マイナンバーカードをカードリーダーに置く
2. 顔認証か4桁の暗証番号で本人確認をする
3. 診療・薬剤情報などの提供について同意を選ぶ
4. 受付完了の画面が出たら、カードを取り出す

同じ日に病院でカードを読み取っていても、薬局は別の施設なので、薬局の受付でももう一度この流れを行います。

利用登録をしていないカードでも、医療機関や薬局のカードリーダーでその場で登録できます。

薬局で出てくる処方箋の画面

同意の後、処方箋の出し方として、電子処方箋、紙の処方箋、わからないの3つから選びます。

紙の処方箋なら、受付が終わった後にカードを取り出し、処方箋を窓口に渡す流れです。

自分の処方箋がどちらか分からないときは、わからないを選び、窓口に相談します。

電子処方箋を選んだ後は、来局前にFAXやアプリで控えや引換番号を伝えたかどうかで、事前連絡済、未連絡、両方を選びます。

まだ伝えていない電子処方箋が2枚以上あるときは、この薬局ですべて調剤を受けるならはい、1枚ずつ選ぶならいいえを押します。

内科と整形外科のように2つの科で電子処方箋が出た人は、ここで両方を選ぶ形です。

未連絡の電子処方箋が1枚だけなら、この段階で受付が終わり、カードを抜いて待合室で待ちます。

同意を選ぶと薬局で何が変わる？

情報の提供に同意すると、医師・歯科医師・薬剤師が、今飲んでいる薬や診療の情報を確認できるようになります。

厚生労働省は、同意に基づいて過去の医療情報や処方された薬の情報を共有できる点を、マイナ保険証の特徴としています。

2つの科から別々に薬が出ている人なら、薬局で重なりを確かめてもらう材料です。

同意するかどうかは自分で決められます。

毎回同じ選択をすると決めておくと、画面の前で迷う時間が減ります。

窓口でカードを出すのに時間がかかる？受付を早く済ませる準備

受付の時間を短くするには、カードと処方箋を手に持った状態で順番を待ち、置き方と暗証番号を前もって確かめておくことが近道です。

厚生労働省のリーフレットでは、2026年1月の利用率は64.62%で、受診した人の約3人に2人が使っています。

共同通信の報道では、利用率は2026年5月末で68.5%、登録は6月末で約9487万人です。

使う人が増えたぶん、カードリーダーの前で手間取ると後ろに列ができやすくなります。

調剤事務の人のSNSでは、目の前のクリニックで出したはずのカードを機械の前で長く探す人がいる、という声もありました。

顔認証をスムーズにするカードの置き方と暗証番号

厚生労働省の資料では、カバーなどを外し、顔写真を表にして横向きに置くよう案内しています。

顔認証ができないときに備えて、4桁の暗証番号も思い出しておきます。

暗証番号を続けて間違えると、不正防止のためロックがかかります。

認証がうまくいかないときは、何度も試すより職員に声をかけるのが早道です。

病院の会計が終わったら、カードは財布の奥にしまわず、処方箋と一緒にすぐ出せるところに入れておくと、薬局で探さずに済みます。

スマートフォンのマイナ保険証の使い方

2025年9月19日から、準備の整った医療機関・薬局でスマートフォンのマイナ保険証が使えます。

受付では、カードリーダーの「スマートフォンを利用」を押してから、iPhoneかAndroidかを選ぶ手順です。

iPhoneはFace IDかTouch ID、Androidはスマホに追加したときに決めた4桁の暗証番号で本人認証をします。

次に、スマホを汎用カードリーダーから少し浮かせてかざし、1〜2秒待ちます。

顔認証付きカードリーダーにかざしても読み取れないので、置く場所を間違えないようにします。

最後にカードリーダーの画面で同意を入力すれば完了です。

対応している施設は厚生労働省の検索ページで探せますが、反映に時間差があるため、実物のカードも持っていくと安心です。

スマホに入れるときは、実物のマイナンバーカード、最新のマイナポータルアプリ、英数字6〜16文字の署名用パスワードを用意します。

iPhoneの場合は、券面入力用の4桁の暗証番号も要ります。

資格確認書の使い方と、マイナ保険証で受付できないとき

資格確認書はカードリーダーではなく受付の職員に渡して使い、限度額の扱いは加入している保険によって違います。

従来の健康保険証は2025年12月1日で有効期限が終わり、期限切れの保険証で受診できる特例も2026年7月末で終わりました。

マイナ保険証との違いを表にまとめます。

比べること	マイナ保険証	資格確認書
窓口での出し方	カードリーダーに置いて自分で操作する	受付の職員に渡す
高額療養費の上限	認定証なしで窓口の支払いが上限までになる	同意で区分を参照できる自治体と、認定証の提示が要る保険者がある
薬の情報の共有	同意すれば医師・薬剤師が服用中の薬を確認できる	なし
受け取り方	利用登録をしたマイナンバーカード	持っていない人に申請なしで届く。有効期限は5年以内で保険者が決める

資格確認書でも限度額は使える？限度額適用認定証が要る場合

静岡市の国民健康保険では、資格確認書でも、マイナ保険証が使える医療機関で本人が同意すれば、限度額の区分を窓口で参照できます。

この場合、区役所で申請しなくても、上限を超える支払いは免除の対象です。

協会けんぽは、マイナ保険証を使えない場合は限度額適用認定証を資格確認書と一緒に出すよう案内しています。

協会けんぽの認定証の有効期間は、申請を受け付けた月の1日から最長1年間です。

申請を受け付けた月より前の月の分は交付されないので、入院などの予定が分かったら早めに申請します。

後期高齢者医療では、申請すれば限度区分を書き込んだ資格確認書を出す自治体もあり、目黒区はマイナ保険証を持つ人ならこの申請はいらないとしています。

マイナ保険証を持っていても資格確認書を受け取れる場合

厚生労働省は、高齢や障害でカードでの受診が難しい人、カードを紛失した人、更新中の人は、申請で資格確認書を受け取れると案内しています。

浜松市の後期高齢者医療では、2026年8月の切り替えから、85歳以上の人には登録の有無を問わず資格確認書を送り、84歳以下の人は登録済みなら資格情報のお知らせ、未登録なら資格確認書という分け方です。

デジタル庁は、資格情報のお知らせだけでは保険診療は受けられないとしています。

反対に、マイナ保険証の利用登録をやめたい人は解除を申し込め、解除した人には申請なしで資格確認書が届きます。

厚生労働省のページによると、9月に受け付けた解除の申し込みは3,420件でした。

70歳以上で低所得の区分の人は、マイナ保険証を使う場合でも、限度額適用・標準負担額減額認定証の手続きが別に必要です。

読み取れない・カードを忘れた・なくしたときは？

機械の不具合などでカードが使えなかった場合も、医療機関が別のやり方で加入先を確かめるため、いつもの負担割合で診てもらえると厚生労働省は説明しています。

電子証明書の有効期限が切れても、切れてから3か月間は健康保険証として使えます。

その後は保険証以外の機能も止まるので、市区町村の窓口で早めに更新しておきましょう。

修学旅行や部活動の合宿のように本人がカードを持っていきにくい場面では、マイナポータルから取り出したPDFや、資格情報のお知らせの写しを見せる扱いも認められています。

ふだんの通院では、お知らせだけでは受診できない点は変わりません。

マイナ保険証も資格確認書も持たずに受診すると、窓口で全額の負担を求められることがあると報じられています。

後日マイナ保険証か資格確認書を出せば差額が戻るので、領収書は捨てずに持っておくのが大事です。

カードやスマホのマイナンバーカードをなくしたときは、マイナンバー総合フリーダイヤル（0120-95-0178、24時間365日）に電話して一時的に止めます。

まとめ：マイナ保険証と薬局の高額療養費は申請まで見ておく

マイナ保険証は窓口ごとの支払いを上限までにする仕組みで、病院と院外の薬局を合わせて超えた分は申請で戻ります。

状況ごとの次の行動は、次のとおりです。

• 病院と薬局の両方で払った月は、領収書を月ごとにまとめ、案内が届いたら申請する
• 70歳未満は、処方せんを出した医療機関と薬局の合計が21,000円以上かを見る
• 初回の申請のときに、2回目からの自動振込があるか加入先に確かめる
• 受付では、カバーを外したカードを横向きに置き、暗証番号も思い出しておく
• 資格確認書で受診している人は、限度額の扱いを加入先の案内で確かめる

上限の額は2026年8月に変わり、2027年8月にも所得区分の見直しが予定されています。

申請の前に、加入している保険の最新の案内を確かめてください。